Берём во внимание официальный патч от мелко-мягких: https://docs.microsoft.com/en-US/sharepoint/troubleshoot/installation-and-setup/setup-error-if-.net-framework-4.6-is-installed
В статье есть три файла фикса для SharePoint Foundation, SharePoint Server и Project Server соответственно. В статье совершенно не указано, то для установки пре-реквизитов (prerequisites) потребуется фикс для редакции Foundation (файл wsssetup.dll) иначе будете бить головой об стену ошибки конфигурации IIS. Так что кидаем обе библиотеки (wsssetup.dll и svrsetup) в папку updates распакованного на диск установочного дистрибутива. Если планируется ставить Project Server 2013 аналогичные действия требуются и для его папки update.
Причина такого поведения установщика, насколько я понял заключается в следующем: разработчики (особенно индусские) — народ ленивый; когда потребовалось сделать фикс, они выпустили обновлённые библиотеки, однако сам инсталлятор для установки пререквизитов требует библиотеку для «минимально возможной редации», т.е. для Foundation.
Также поскольку в 2016 некоторые фичи переигрались перед установкой пререквизитов выполняем следующие запросы в PowerShell:
Add-WindowsFeature NET-WCF-HTTP-Activation45,NET-WCF-TCP-Activation45,NET-WCF-Pipe-Activation45
Add-WindowsFeature Net-Framework-Features,Web-Server,Web-WebServer,Web-Common-Http,Web-Static-Content,Web-Default-Doc,Web-Dir-Browsing,Web-Http-Errors,Web-App-Dev,Web-Asp-Net,Web-Net-Ext,Web-ISAPI-Ext,Web-ISAPI-Filter,Web-Health,Web-Http-Logging,Web-Log-Libraries,Web-Request-Monitor,Web-Http-Tracing,Web-Security,Web-Basic-Auth,Web-Windows-Auth,Web-Filtering,Web-Digest-Auth,Web-Performance,Web-Stat-Compression,Web-Dyn-Compression,Web-Mgmt-Tools,Web-Mgmt-Console,Web-Mgmt-Compat,Web-Metabase,WAS,WAS-Process-Model,WAS-NET-Environment,WAS-Config-APIs,Web-Lgcy-Scripting,Windows-Identity-Foundation,Server-Media-Foundation,Xps-Viewer –Source D:\sources\sxs